ネットショップを持続化補助金で作るなら｜ECサイトで対象になる費用・ならない費用と収益納付
自社の商品をネットでも売りたい。そう考えたとき、持続化補助金でECサイトを作れるのかは気になるところです。
公募要領を読むと、ネットショップの構築は対象経費の例に入っています。ただ、EC特有の手数料や、売上が出たときの「収益納付」など、普通のホームページとは違う注意点もあります。第20回の公募要領と参考資料に沿って整理しました。
- ECサイトの構築費が何費になるか
- 自社ショップとモール出店の費用の違い
- 決済手数料など対象外になりやすい費用
- ネット販売で起きる収益納付の考え方
2026年11月時点で、小規模事業者持続化補助金〈一般型 通常枠〉第20回の公募要領（第9版・2026年11月5日）、参考資料、申請時によくあるご質問で確認できた内容です。申請前に必ず最新の公募要領をご確認ください。
目次
ECサイトは持続化補助金の対象になる？
公募要領の「ウェブサイト関連費」は、販路開拓等を行うためのウェブサイトやECサイト、システムの開発、構築、更新、改修、運用に要する経費と定められています。対象となる経費の例には「商品販売のためのウェブサイト作成や更新」が挙がっています。
参考資料でも、ECモールへの出店に係る初期費用、ECモール・ホームページの構築費、そこに載せる写真の制作費用が、ウェブサイト関連費の例として並んでいます。
| 費用 | 経費区分 | 扱い |
|---|---|---|
| 自社ECサイトの構築 | ウェブサイト関連費 | 対象の例 |
| ECモール出店の初期費用 | ウェブサイト関連費 | 対象の例 |
| 商品写真の制作 | ウェブサイト関連費 | 対象の例 |
| ネット広告の出稿 | 広報費 | 対象の例 |
| 決済手数料 | — | 対象外 |
| 売上に応じた手数料 | — | 対象外 |
ウェブサイト関連費のみによる申請はできず、ほかの経費と一緒に申請する決まりです。また、この経費の補助金交付申請額の上限は30万円で、賃金引上げ特例などで補助上限額が上がっても変わりません。
自社ショップとモール出店、費用の考え方の違い
ネットで売る方法は、大きく分けて「自社のネットショップを作る」か「ECモールに出店する」かの2つです。どちらもウェブサイト関連費として扱われますが、見積書に並ぶ費用の種類が違います。
ECモールに出店
- 出店の初期費用
- 商品ページの写真
- 月額の出店料は要確認
- 販売手数料は対象外
自社のネットショップ
- サイトの構築費
- 商品ページの写真
- 月額利用料は期間内分
- 決済手数料は対象外
自社ショップを作成サービスで作る場合、月額や年額の利用料がかかります。公募要領では、契約期間が補助事業期間を越えるソフトウェア使用権は、按分などで出した補助事業期間分だけが対象です。同じ考え方で、期間内の月数で区切っておくと無理がありません。
モールの月額出店料は、公募要領に個別の記載がありません。計画に入れるかどうかは、地域の商工会・商工会議所に確認してから決めてください。
あわせて読みたい月額制のホームページに持続化補助金は使える？期間内の分だけが対象になる理由と計算例月額の利用料を期間内の分だけで考える方法2026.10.24
決済・梱包・仕入れなど、ECで外れやすい費用
ネットショップの運営には、構築費のほかにも細かい費用がかかります。そのうち、公募要領で対象外と書かれているものは次のとおりです。
- インターネットショッピング決済手数料
- 売上高や販売数量に応じて課金される費用
- 段ボール・梱包材などの消耗品
- 被写体にする商品の購入費
- 補助事業期間内に運用に至らないサイト
- 内訳が不明な「一式」の費用
見落としやすいのが、商品写真の被写体です。写真の制作費は対象でも、撮影のために買う商品や小物の費用は対象外の例に挙がっています。見積書では撮影の作業費と分けて書いてもらいます。
また、サイトを作っても期間内に公開して販売を始めていなければ対象外です。商品登録の数が多いショップは、公開日から逆算して、写真と説明文をいつまでにそろえるかを先に決めておきます。
ネット販売は「収益納付」に注意
ECサイトで特に知っておきたいのが収益納付です。補助事業の結果として直接収益が生じた場合、補助金の交付時に、交付する金額から相当分を減らす扱いになっています。
参考資料では、補助金で作った自社のネットショップ（買い物カゴ、決済機能の付加）での販売や、モールでの販売による利益が、直接収益が生じる例に挙がっています。一方、ネットショップ構築を除くホームページの作成・改良は、収益との因果関係が明確でないため該当しないと考える、とされています。
ネットショップで収益が出る場合の流れ
- STEP 1申請時に入力収入金の欄を「あり」
- STEP 2売上を記録期間内の販売を残す
- STEP 3収益を算定事務局の案内に沿う
- STEP 4減額して交付収益分を差し引く
電子申請システムの「補助事業に関して生ずる収入金に関する事項」は、該当する場合「あり」と答えて内容を簡潔に書くよう案内されています。賃金引上げ特例・加点を選んだ場合は、早く事業を終えても、2028年3月31日までに生じた収益を算定するとQ8-9で回答されています。
減らされるのは補助金交付額を限度とした収益相当分です。とはいえ、受け取れる補助金が見込みより少なくなることはあり得るので、資金繰りは自己資金で回せる計画にしておくと安心です。
ほかの経費と組み合わせる申請の例
ウェブサイト関連費だけでは申請できないため、ネットショップを作るなら、ショップに人を呼ぶ取り組みと一緒に計画するのが自然です。たとえば、ネット広告やチラシは広報費、新しい商品のパッケージの試作は新商品開発費に当たります。
| 仮の組み合わせ例 | 経費 | 補助額（2/3） |
|---|---|---|
| ECサイトの構築 | 45万円 | 30万円 |
| ネット広告の出稿 | 30万円 | 20万円 |
| 合計 | 75万円 | 50万円 |
上の表は計算の流れを示すための仮の数字で、税の扱いは含めていません。通常枠の補助上限は50万円、補助率は3分の2です。ウェブサイト関連費と広報費は、それぞれ補助金交付申請額の上限が30万円なので、どちらか一方に寄せすぎない計画にします。
ECサイトに50万円（税抜き）以上かける場合は「処分制限財産」に当たり、通常は取得日から5年間、廃棄などの処分が制限されることがあります。ショップを閉じる可能性があるなら、契約前に考えておきたい点です。
第20回の日程とWEB PREPAができること
第20回の申請受付は2026年11月5日に始まっており、締切は12月15日（火）17時です。事業支援計画書（様式4）の発行受付は12月4日（金）で締め切られます。交付決定前に発注・契約・支払いをした費用は対象外なので、ショップ作りの発注は交付決定を待ってからです。
補助金を使ったホームページ制作の進め方は、WEB PREPAの補助金ページにまとめています。
申請書類（経営計画・補助事業計画など）は、事業者ご自身が作るものです。行政書士法により、行政書士でない者が報酬を得て官公署に出す書類を作ることはできないため、WEB PREPAは申請書類の作成や申請の代行はしていません。お手伝いできるのは、ネットショップを含むホームページの制作と、補助金で使える内訳つきの見積書・請求書のご用意です。
公式の情報
補助金の決まりは回ごとに変わります。上限額・対象経費・締切は、申請する回の最新の公募要領で必ずご確認ください。計画の中身は、地域の商工会・商工会議所に相談しながら決めるのが確実です。
よくある質問
ECサイトだけで持続化補助金を申請できますか？
できません。ウェブサイト関連費のみによる申請はできない決まりです。ネット広告などの広報費や、新商品開発費など、ほかの経費と一緒に計画してください。
楽天やAmazonなどのモール出店も対象になりますか？
参考資料では、ECモールへの出店に係る初期費用がウェブサイト関連費の例に挙がっています。売上に応じた販売手数料は対象外です。月額の出店料は個別の記載がないため、商工会・商工会議所に確認してください。
ネットショップ作成サービスの月額料金は対象ですか？
対象と確認できた場合でも、補助事業期間を越える分までは入れられないと考えてください。期間内の月数で区切って計算しておくと安全です。決済手数料は対象外です。
ネットショップで売上が出たら補助金は減りますか？
補助金で作ったネットショップでの販売による利益は、収益納付の例に挙がっています。直接生じた収益の相当分が、交付する金額から減らされる扱いです。申請時の収入金の欄の入力も忘れないでください。
公開後の保守や更新は月いくらかかりますか？
作り方や商品の数で変わるので、見積もりの段階で、公開後の月額と補助事業が終わったあとの費用を必ず確認してください。補助事業期間の後の費用は自己負担です。
制作会社が廃業したらショップはどうなりますか？
ドメインや作成サービスのアカウントがご自身の名義なら、別の会社に引き継ぎやすくなります。制作会社の名義のままだと手間がかかることがあるので、契約前に確認してください。
見積書で構築費と写真代を分けてもらえますか？
WEB PREPAでは、補助金の申請に使える内訳つきの見積書をご用意します。どの項目を計画に入れるかは、商工会・商工会議所に相談しながら決めてください。